水深は、60〜200m程度で最深部は450mです。
佐渡海峡：佐渡島の沢崎鼻と対岸の米山崎を結ぶ線と佐渡島の姫埼と信濃川河口左岸とを結んだ線で囲まれる海域で、最深部は、海峡の中央部に横たわる佐渡海盆の中の537mです。本州側の角田岬と佐渡島の鴻ノ瀬鼻が海峡の最短距離で約32kmあります。
隠岐海峡：島根半島と隠岐諸島との間に位置する南北約46km、東西約65kmの海峡で、山陰沿岸を東西に通行する船舶の航路と隠岐諸島と七類港・境港の間を東西に結ぶ定期旅客船航路が交差する船舶輻輳海域です。
海峡中央部では水深70〜80mの台地を形成しており、海峡東部では水深100m以深においても比較的急峻な地形を示していますが、海峡西部では、水深10〜200mまでなだらかな地形を示しています。
対馬海峡：九州北岸・本州西部と朝鮮半島南岸・東岸に挟まれた幅約170kmの海峡で、海峡中央部に対馬があるため海峡は二分され、対馬と九州北岸の壱岐島の間約50kmを対馬海峡東水道、対馬と朝鮮半島の間約50kmを対馬海峡西水道と言います。
水深は、西水道に200mを超す深部があるものの、大部分は120m以浅の平坦な海域です。
対馬暖流の主流は、西水道から日本海に入り、流速は0.5〜1.5ノットで、夏季には、最強流速が3ノットになることもあります。東水道では、0.3〜1ノットです。この海域では、潮流が卓越しています。
(2)主な島
飛 島：山形県酒田市に属し、酒田港の北西方沖約40kmにあり、南北の長さ約3km、幅約1.5km、面積約2.3km2のやや平らな島で、人口は約450名、島の南東岸にある飛島漁港(第4種漁港)と酒田港との間には、定期旅客船航路があります。
粟 島：新潟県岩船郡に属し、岩船港の北北西沖約30kmにあって、長さ約7km、幅約2km、面積が約9.2km2です。全島一村(粟島浦村)で、人口約450名、島の東岸内浦に粟島漁港、西岸釜谷に釜谷漁港(いずれも第4種漁港)があります。島の西岸は岩海岸、東岸は群石海岸、西・北岸は、距岸1km以内に孤立礁があります。粟島漁港と対岸の岩船港との間に定期旅客船航路があります。
佐渡島：新潟県佐渡郡に属し、我が国第二の面積を有する島(北方領土を除く)で、島の中央にある国仲平野を挟んで並行する北側の大佐渡山地と南側の小佐渡丘陵からなり、1市・7町・2村に分かれています。南北の長さ約65km、最大幅約35km、面積約857.2km2、人口は約67,800名です。
