(2) 改造・修理認定事業場制度
製造認定事業場制度と同様に法第6条ノ2では，規則で定める物件について法第5条第1項第3号の命令をもって定める改造若しくは修理工事(以下ここでは「改造修理工事」という。)の能力について運輸大臣の認定を受けた者が認定物件の改造・修理工事を行い法令に定める要件に適合して行われたことを確認した場合に，当該工事について行われる運輸省の現物検査を省略することを規定している。
事業場認定規則では第1章，第2章及び第4章により，製造認定と同じく，認定対象物件，認定の申請及び書類，認定の基準，認定書の交付，確認の方法，認定事項の変更承認申請，認定の基準に係る事項の変更届け，認定の失効及び取消，告示等制度の運用について規定している。
認定の基準として製造工事と同様に改造，修理についての要件を規定している。
なお，改造・修理については船舶安全法施行規則第19条第1項第1号又は第2号により明確に定めている。(改造及び修理については臨時検査の項を参照のこと。)
(3) 整備認定事業場制度
法第6条ノ3では，規則で定める物件(整備規定の認可物件)の製造者がその物件の整備(前項の修理を除く。)について整備規程を定め，運輸大臣の認可を受け，この整備規程に従って整備を行う場合，整備の能力について運輸大臣から事業場の認定を受けた者が，整備規程に適合して整備し，確認した物件について30日以内に行われる定期検査，または中間検査を省略することを規定している。
事業場認定規則では第1章，第3章及び第4章により整備規程の認可対象物件，整備規程の要件，整備規程の認可申請及び書類，整備規程の変更認可申請，整備規程の認可を受けた者の届け出事項，整備規程の認可の失効及び取消し，告示，事業場の認定，認定申請と申請書類，認定の基準，認定書の交付，確認の方法，整備規程の供与等，認定の失効及び取消し，認定に係わる物件の範囲等の変更承認，認定の基準に係る事項等についての変更届出等，制度の運用について規定している。
また認定の基準として
(1)整備規程の供与
(2)整備及び確認のために必要な施設，設備
(3)整備及び確認のための人員
(4)整備についての確認制度
(5)整備に関する管理及び基準
(6)設備の較正に関する制度
(7)書類の管理制度
(8)整備の実績
(9)事業の基礎及び経営
等についての要件を規定している。
なお，事業場認定規則による整備規程の認可対象物件は舶用機器にあっては内燃機関がある。
以上から認定事業場制度は，船舶安全法に適合する品質システムのもとで，舶用機器を製造，改造修理及び整備する事業場をそれぞれ認定し，その事業場が行う工事について自主検査の実施と品質責任者の確認により保証することを基本とし，運輸省の行う検査が省略されるものである。
